Es ist schwierig, ohne weitere Details eine Erklärung zu geben, aber das Entfernen eines Eintrags eines Hardlinks darf nicht dazu führen, dass andere Dateieinträge auf die gleiche Datei in einem derart beschädigten Zustand verweisen.
Ich empfehle Ihnen, das Festplatten-Dienstprogramm zu verwenden, um Ihr Laufwerk zu überprüfen und möglicherweise zu reparieren.