Für den ersten Teil Ihrer Frage lesen Sie diese SO-Frage
Es ist normal, die JAR-Datei mit Ihrer Anwendung bereitzustellen und eine Methode zum Festlegen des Klassenpfads anzugeben. zB indem Sie den Java-Befehl in ein Shell-Skript einbinden.
Alternativ dazu hat Oracle Anweisungen zum Erstellen eines Standalone-App-Pakets bereitgestellt .
Der zweite Teil ist schwieriger. PDFBox ist ziemlich komplex, aber sie enthält einige Beispiele im PDFBox-Kochbuch