Es gibt keinen Unterschied zwischen den Dateien im Medienordner von iTunes und Ihren Originalen.
iTunes kann entweder Originaldateien in einem beliebigen Verzeichnis verwenden oder sie in einem eigenen Ordner ablegen und organisieren.
Sie können in iTunes-> Einstellungen-> Erweitert die Option "Ordner für iTunes-Medien verwalten" auswählen. Wenn ausgewählt, werden die Dateien in iTunes Media kopiert