Obwohl dies drei Jahre alt ist, stelle ich das hier nur für jeden in die Zukunft, der diese Frage findet, so wie ich.
Wenn Sie ein Verzeichnis vollständig ersetzen oder aus dem vorherigen Zustand wiederherstellen möchten, löschen Sie es zuerst und stellen Sie es dann mit Duplizität wieder her.
Von https://help.ubuntu.com/community/DuplicityBackupHowto :
Entweder muss die Datei vor dem Ausführen des Skripts gelöscht werden oder es muss ein anderer Pfad oder Dateiname verwendet werden. Dieses Verhalten ist für mich in Ordnung, da ich normalerweise die wiederhergestellte Datei zuerst auschecken möchte, anstatt nur die aktuelle Datei mit der im Sicherungssatz gefundenen zu überschreiben.
Es gibt keine Möglichkeit, "nur geänderte Dateien" wiederherzustellen, aber das Löschen und Wiederherstellen des Verzeichnisses hat genau dieselbe Wirkung, da die nicht geänderten Dateien nach dem Wiederherstellen die gleichen sind.
Sie sollten jedoch wahrscheinlich die Integrität der Sicherung überprüfen, bevor Sie dies tun, denn wenn Sie Dateien löschen, die nicht geändert wurden, und dann die Sicherung beschädigt ist, haben Sie zuvor gültige Dateien verloren.