Sie können dies tun, indem Sie Ihr USB-Laufwerk partitionieren.
Die Struktur, in der alle Dateien auf einer Festplatte gespeichert sind, wird als Dateisystem bezeichnet. Es gibt nichts, was Sie daran hindert, mehr als eine auf einer physischen Festplatte abzulegen.
Ich mache das nur unter Linux mit GParted, aber ich habe hier eine Windows-Alternative gefunden: http://www.disk-partition.com/free-partition-manager.html
Achten Sie darauf, Ihre Dateien vorher zu sichern, und stellen Sie sicher, dass Sie das richtige Gerät bearbeiten.
Verkleinern Sie die große Partition auf Ihrem USB-Laufwerk von rechts, um einen leeren Speicherplatz auf Ihrer Festplatte zu schaffen.
Erstellen Sie eine neue Partition (fat32, wenn Sie dazu aufgefordert werden) im nicht verwendeten Speicherplatz.
Denken Sie auch daran, zu versuchen, die linke Seite eines Dateisystems nicht zu verschieben. Dies kann Stunden dauern, während das Verschieben der rechten Seite höchstens einige Minuten dauern sollte.