Wenn Sie über ein Speichermedium verfügen, das groß genug ist, um alle Ihre Daten aufzunehmen (z. B. eine externe HD), können Sie Unison verwenden, um das Server <-> Computer <-> Gerät zu synchronisieren. Sie können es so einstellen, dass es lautlos und mit der gewünschten Frequenz läuft. Unison ist ziemlich sicher und macht in Eckfällen das Richtige.
Wenn Sie nur die veränderten Dateien in einem kleinen Laufwerk speichern möchten, kenne ich keine Software, aber es gibt handgefertigte Lösungen. Sie können mit find und rsync hacken, um zuletzt geänderte Dateien inkrementell aufzuzeichnen, und einen cron-Job festlegen, um ihn automatisch zu machen. Wenn Ihr Pendrive voll ist, synchronisieren Sie einfach die Online-Sicherung und löschen Sie alles. Der nächste automatische Rsync-Vorgang erledigt die Aufgabe für Sie.