Es gibt verschiedene Möglichkeiten, Pings durchzuführen - es ist wahrscheinlich, dass Ihr Provider ICMP-Raten einschränkt oder priorisiert, aber keine UDP-basierten Pings oder umgekehrt, und Sie erhalten unterschiedliche Ergebnisse.
Ich denke, WinMTR verwendet UDP, während Pathping ICMP verwendet.
Es ist unwahrscheinlich, dass sich das Problem auf die Windows-Version bezieht.