Die Antwort lautet NICHT Remote löschen. Dadurch wird die entfernte Datei gelöscht, und es erscheint der Zeiger auf die lokale Datei, die gesichert wurde. Ein einfaches LS zeigte alle meine Dateien immer noch dort, nur versteckt.
Sorry, ich habe total vergessen, dass ich diese Frage bis jetzt gepostet habe.