Beantwortung meiner eigenen Frage: Ja, das liegt an USB und das kann geheilt werden. Zumindest in meinem Fall.
Was geholfen hat, ist ein ausgezeichnetes Freeware-Tool USB Device Viewer, in dem alle registrierten Systemgeräte angezeigt wurden, sowohl aktiv als auch getrennt. Da die meisten USB-Geräte Plug-in-Play-fähig sind, können Sie sie normalerweise aus der Windows-Registrierung löschen (nicht nur deaktivieren, löschen). Ich habe dabei nur Maus und Tastatur gelassen, den Computer neu gestartet und nach dem Anschließen von USB-Geräten funktionierten alle meine MIDI-Instrumente einwandfrei. Der Geräte-Manager hörte auf zu flackern und versuchte, ein neues Gerät zu installieren.