Ja, eine Website kann erkennen, dass Adblock Plus installiert ist, indem sie auf eine Javascript-Datei verweist, von der bekannt ist, dass sie von Adblock Plus blockiert wird (weil sie einer Standardregel entspricht), und überprüft, ob dieser Javascript-Code ausgeführt wurde, indem er beispielsweise eine Variable überprüft.
Eine Erklärung finden Sie hier: So erkennen Sie Adblock Plus
Und weitere Details bei Wikipedia: Adblock - Detection .