Es gibt ein Tutorial in VirtualBox-Foren, das diese Frage hat,
F: Wie kann ich die Größe einer dynamischen VDI auf der Festplatte reduzieren?
Es gibt zwei Ansätze zum Bereinigen und Verringern des auf einem dynamischen VDI gespeicherten Dateisystems. Das erste ist das, was ich an Ort und Stelle nenne, und das zweite ist das Kopieren eines Dateisystems.
Diese Antwort adressiert die erste davon.
Eine weitere Referenz: wie man eine VDI-Platte (Linux-Gast) in der Größe verändert / erweitert