Nach ein paar Versuchen fand ich also eine Arbeit. Wenn hier jemand das gleiche Problem hat wie ich, dann beheben Sie dieses Problem:
Entpacke zuerst deine Archive (ein Schmerz, aber das machst du nur einmal). Nach dem erneuten Komprimieren des Ordners als unverschlüsselter, gezippter Ordner (oder als beliebiges Archiv, das Sie auswählen). Sobald dies erledigt ist, wählen Sie Ihr neues, unverschlüsseltes Archiv in 7zip aus und wählen Sie "Zum Archiv hinzufügen". Dieses Mal verschlüsseln Sie es (ich empfehle AES 256).
Sobald Sie Ihre verschlüsselte Datei erhalten haben, können Sie Ihre alte, unverschlüsselte Datei löschen. Öffnen Sie nun die neue, verschlüsselte Datei, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Archiv und wählen Sie "Außen öffnen". Geben Sie das Passwort ein und bearbeiten Sie Ihr Archiv. Wenn Sie fertig sind, sollten Sie eine Benachrichtigung erhalten, dass die Datei geändert wurde. Klicken Sie auf Ja, um die Änderungen zu speichern. Anschließend sollten Sie eine zweite Benachrichtigung erhalten. Wählen Sie erneut Ja, und Sie sind fertig.