Ich würde sicherstellen, dass ACPI und APIC und alles andere für das Motherboard und auch für Ubuntu aktiviert ist. Das Motherboard verfügt möglicherweise nur über Treiber, die Windows-kompatibel sind, weil sie etwas seltsam sind.
Sie erwähnen nicht, wie alt das System ist. Meiner Erfahrung nach haben nur die letzten Jahre von Compaqs mit Linux wirklich gut gespielt.