Sie können Linux nicht zum Kopieren von Windows-Dateien verwenden, da die Berechtigungsmodelle der beiden Betriebssysteme nicht kompatibel sind. Sie sollten das Image Ihrer Festplatte gesichert haben, um es wiederherstellen zu können.
Ich empfehle, Windows vom Boot-Medium auf die Festplatte zu installieren und es dabei zu löschen. Installieren Sie Ihre Anwendungen erneut und nehmen Sie alle Einstellungen erneut vor. Kopieren Sie schließlich Ihre persönlichen Dateien von Ihrer Sicherung.
Versuchen Sie nicht, Systemordner zu kopieren - kopieren Sie nur Ihre eigenen Daten von wo auch immer Sie sie gespeichert haben. Nebenbei bemerkt sind Anwendungen keine persönlichen Daten, sie müssen neu installiert werden.