Sieht aus, als wäre die aus dem App Store heruntergeladene neue Version des Befehlszeilentools beschädigt. Ich musste die gleiche Version von der Apple-Entwickler-Downloadseite herunterladen und manuell installieren.
Öffnen Sie dann den App Store, gehen Sie zur Registerkarte Updates und lassen Sie die App-Liste ein wenig aktualisieren. Das Command Line Tool ist nicht mehr vorhanden, da es bereits installiert ist. Jetzt kann ich mit meinem OS X-Update fortfahren :)