Flowplayer (vorausgesetzt, Sie sprechen über die Software von http://flowplayer.org/ ) sind nur JavaScript und Flash.
Wenn Sie einen auf Ununtu basierenden Webserver ausführen, laden Sie die Flash- und JS-Dateien wie alle anderen statischen Dateien hoch.
Wenn Sie einen Webbrowser auf einem Ubuntu-Desktop ausführen, müssen Sie lediglich das Flash-Plugin für den von Ihnen verwendeten Browser installieren (und Sie sollten dies bei Superuser gefragt haben).