pdfcrop sollte in der Lage sein, was Sie wollen. Laut der Manpage:
pdfcrop ist ein Dienstprogramm zum Berechnen und Entfernen leerer Ränder von jeder Seite in der PDF-Eingabedatei. Die resultierende Ausgabedatei nimmt das für den Inhalt erforderliche minimale Papierformat ein und eignet sich daher für die Aufnahme als Grafik