Der von Ihnen beschriebene Effekt hängt stark von dem Systemaufruf ab, mit dem die Datei gestartet wird. Der Windows-API-Aufruf zum Ausführen eines Programms hat viele Parameter. Es hängt also alles vom jeweiligen Microsoft-Programmierer ab.
Solche Unterschiede treten häufig bei Windows auf, das eine enorme Codebasis hat, die von vielen Programmierern geschrieben wird. Man muss die Unterschiede lernen und sich anpassen, da Windows ein geschlossenes System ist. Sie können Windows nicht "reparieren".