Vermutlich: Sie haben Ihr USB-Laufwerk seltsam partitioniert, so dass beispielsweise ein FAT-Dateisystem in einer Partition vorhanden ist, das auf dem gesamten Laufwerk von einem NTFS-Dateisystem überlappt wird. Da beide Betriebssysteme beide Optionen prüfen, aber Windows 98 NTFS nicht lesen kann, werden unterschiedliche Dateisysteme erkannt. Das bedeutet immer noch, dass beide Dateisysteme irgendwie "beschädigt" sind (mit Informationen, zu denen sie nicht gehört), aber wenn Ihr Laufwerk groß ist und nur wenige Dateien darauf sind, wird es möglicherweise längere Zeit nicht angezeigt.
Überprüfen Sie die Datenträgerverwaltung unter Win2000 und fdisk unter Win98, und vergleichen Sie deren Ausgabe. Oder starten Sie von einer Linux-Live-CD und prüfen Sie, welche Dateien Sie dort sehen und wie die Partitionierung mit cfdisk funktioniert.
Um dies zu bereinigen, speichern Sie alle Dateien, die Sie noch woanders benötigen, und füllen Sie alle Sektoren des Laufwerks (oder nur die ersten paar Megabytes) mit Nullen. Partitionieren und formatieren Sie das Laufwerk dann erneut (diesmal in einem Format, das alle Betriebssysteme unterstützen können) lesen :))
Und wenn einer Ihrer Computer Sie fragt, ob er das Laufwerk neu formatieren soll, sagen Sie immer "Nein" (ohne die ersten Sektoren zuerst zu säubern), da dies in einigen unklaren Fällen zu solchen Problemen führen kann.
(Es könnte sich auch um einen Firmware- / Treiberfehler handeln, so dass eines Ihrer Betriebssysteme keinen Teil des Laufwerks sieht. Wenn andere USB-Laufwerke einwandfrei funktionieren, ist dies nicht das eigentliche Problem.)