Da ich nicht CCleaner-Entwickler bin, kann ich Ihnen keine genauen Angaben dazu machen, wie sie damit umgehen könnten, aber im Allgemeinen Einträge unter:
32bit:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
64bit:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
beherbergt "deaktivierte" Starteinträge.