Wie Janot vorgeschlagen hat, poste ich hier, was für mich als Antwort funktioniert hat.
Folgendes ist aus meinem ursprünglichen Fragenupdate:
Ich habe gerade versucht, "dieses Benutzerskript zu bearbeiten", wie von ov1d1u vorgeschlagen. Es gibt zwei Probleme: 1) der interne Editor ist nicht so gut wie meine Präferenz; 2) es funktioniert in einem geheimen Ordner, der nur schwer in der Quellcodeverwaltung verwendet werden kann. Da jedoch ein geheimer Ordner aufgedeckt wurde, habe ich versucht, die Datei direkt in diesem Ordner zu aktualisieren, und es hat funktioniert! Ich habe gerade eine Batchdatei mit folgendem Inhalt erstellt:
xcopy /d my.user.js "...\AppData\Roaming\...\gm_scripts\...\"
Dies ist bei weitem eine gute Lösung für das, was ich wollte.
Feb 2016 Update
Es ist zwei Jahre her, seit diese Frage gestellt wurde. Jetzt wechselte ich zu Chrome + Tampermonkey. Tampermonkey ermöglicht die lokale Aktualisierung eines Skripts durch Angabe einer updateURL im Skript. Auf diese Weise habe ich nur einen einfachen HTTP-Server lokal eingerichtet, und das Aktualisieren eines Skripts erfolgt mit einem Klick in Chrome. Dies ist wahrscheinlich nichts Neues, aber ich möchte es hier nur erwähnen.