Wenn Ihr Beispiel korrekt ist, fügen Sie einfach die verschiedenen Bilder als Ebenen in GIMP hinzu. Das Loch in der oberen Ebene zeigt unten das gute Bild. Das Loch in der unteren Ebene spielt keine Rolle, wenn für die obere Ebene gute Daten für diesen Teil vorhanden sind.
Ordne die Ebenen so an, dass das beste Bild oben und das schlechteste unten ist.
Wenn Sie Bereiche mit schlechter Qualität haben, die Sie ausrechnen möchten, ist das eine andere Sache.