Wenn ich mich richtig erinnere, gibt es eine Möglichkeit, KDE anzuweisen, bestimmte Anwendungen nicht zu speichern. Sie sollten Emacs zur KDE-Liste "Nicht speichern" hinzufügen und dann "Emacs --daemon" zu Ihren Autostart-Programmen hinzufügen.
Ansonsten könnten Sie Ihren Startprogrammen immer etwas ähnliches hinzufügen:
#!/bin/sh emacsclient -e '(kill-emacs)' # try a graceful kill first pkill emacs rm -f /tmp/emacs`id -u`/server emacs --daemon