Ich sehe nicht, wie sie Rootkit auf dem Rechner haben könnten, immerhin habe ich 20 Standorte auf diesem Rechner und nur ein Standort wurde ausgeführt.
Ich sehe auch nicht, wie dies dazu führen könnte, dass Javascript auf einer Seite ausgegeben wird. Damit der Browser sie herunterladen kann, muss er sich irgendwo im Javascript befinden und kein Serverproblem.
Könnten Sie uns ein bisschen mehr erklären, warum Sie eine komplette saubere Maschine für notwendig halten?
BEARBEITEN: Ich habe diese Frage als Gast bei stackoverflow gepostet und scheint die Tatsache verloren zu haben, dass dies meine Aufgabe bei der Migration ist. Mir ist klar, dass dies jetzt unordentlich ist, aber ich kann nicht auf Antworten antworten. Wenn jemand weiß, wie er es reparieren soll, lass es mich wissen.