Das gleiche Problem ist bei Centos 6.2 aufgetreten. Es funktioniert, nachdem ich das Include in der PAM-Datei wie folgt kommentiert habe. Ich verwende ArchLinux Wiki als Referenz.
auth required pam_unix.so auth required pam_env.so auth required pam_google_authenticator.so #auth required pam_sepermit.so #auth include password-auth ...