Die akzeptierte Antwort auf die gleiche Frage: Wie kann ich eine PDF in Mac OS über die Befehlszeile vollständig reduzieren? scheint für mich zu funktionieren, um PDF-Anmerkungen als PDF-Inhalt zu "backen" oder zu "glätten":
gs -sDEVICE=pdfwrite -dPDFSETTINGS=/default -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=out.pdf input_with_annots.pdf
... und es scheint sogar, den Annotationstext beizubehalten (er kann also zusammen mit dem ursprünglichen Textinhalt kopiert werden).
Getestet auf Ubuntu 14.04, Ghostscript gs --version
9.10.