Entweder BitLocker (was ich empfehlen würde, wenn Sie Windows verwenden, insbesondere wenn Ihr Computer über ein TPM verfügt, aber unter Linux nahezu unbrauchbar ist) oder VeraCrypt (für alle Betriebssysteme geeignet). Andere Software, z. B. dm-crypt / LUKS, sollte ebenfalls praktikable Optionen sein (allerdings bin ich mir nicht sicher, ob diese auf bereits verwendete Festplatten angewendet werden kann).
Es gibt keinen Grund, die Partitionierung aufzuteilen, es sei denn, Sie verwenden ein System, das keine GPT-Festplatten unterstützt. Dies ist ziemlich sicher. Die meisten Full-Volume-Verschlüsselungstools - sicherlich beide, die ich oben empfohlen habe - unterstützen die Verschlüsselung an Ort und Stelle, während der Datenträger verwendet wird. Die Daten werden natürlich nicht vollständig gesichert, bis die Verschlüsselung abgeschlossen ist. Dies gilt jedoch für jedes Kryptosystem, das mit Live-Daten arbeiten muss.