Ich glaube nicht, dass NppFTP das native Tunneln unterstützt.
Sie können jedoch einen in PuTTY oder WinSCP erstellten Tunnel in NppFTP verwenden.
Wenn Sie beispielsweise einen Tunnel in PuTTY einrichten, können Sie eine Verbindung zum weitergeleiteten Port in NppFTP herstellen, sofern Sie die PuTTY-Sitzung geöffnet halten.
Ähnlich beim WinSCP-Tunnel. In WinSCP sollten Sie anstelle der Standardeinstellung "autoselect" einen festen "lokalen Tunnelport " festlegen.