Das gleiche Problem hatte ich nach dem Upgrade auf OS X 10.11 El Capitan.
Die Lösung, die Sid Stewart, der Schöpfer von pdftk, bis zu einer anderen Stack-Tausch-Frage bot, hat für mich den Ausschlag gegeben.
Frage: https://stackoverflow.com/q/32505951
Antwort: https://stackoverflow.com/a/33248310