Wenn es einem Hacker gelingt, irgendetwas auf Ihrem Server zu installieren, haben Sie viel größere Probleme als ein durchgesickertes Passwort ...
Allerdings ist FTP in der Tat ein sehr unsicheres Protokoll, und Sie sollten sich wahrscheinlich FTPS ansehen, was einfach eine SSL-verschlüsselte Version von FTP ist.