Ich hatte dieses Problem mit DVDFab-Rips (das Konvertieren von ISO in M4V), wenn ich die Menüs in der ISO intakt ließ. Ich würde 4KB Rips bekommen (auch wenn DVDFab bereits den Kopierschutz entfernt hat). Ich bin also nicht überzeugt, dass dies nur ein Kopierschutzproblem ist - ich denke, es ist ein legitimer Fehler in Handbrake (was ich sanft sage, da es sich um freie Software handelt!).
Für diese lästigen ISOs lade ich die ISOs erneut in DVDFab und entferne Menüs, dann geht die Handbremsrippe einfach in Ordnung.