Das SCP-Protokoll ist nicht sehr ausgefeilt. Die sendende Seite kann die Dateien und Verzeichnisse nur blind an den Empfänger senden. Es gibt keine Standardoption, um das Überschreiben von Dateien am Ziel zu vermeiden.
Sie sollten sich komplexere Übertragungsprotokolle wie SFTP oder Rsync wie in den Kommentaren anschauen.