Okay, ich habe die Antwort selbst gefunden. Die Datei befindet sich unter
/usr/local/rvm/gems/ruby-1.9.3-p194/gems/railties-3.2.7/lib/rails/generators/rails/app/templates/Gemfile
Ist eigentlich die Datei, die Sie ändern müssen. In Ihrer Ausgabedatei ist nicht alles andere enthalten, nur ein Teil davon. Wenn Sie etwas anhängen, wird es in Ihrem Gemfile angezeigt.