Es sieht so aus, als wollten Sie so etwas wie hier beschrieben:
http://technet.microsoft.com/de-de/library/ff384148%28v=ws.10%29.aspx
Dies ist ein Quotensystem pro Benutzer für Prozesse (pro SID technisch) und sollte das tun, was Sie benötigen. Wenn Sie über 10 Minecraft-Prozesse verfügen und diese jeweils auf 9% begrenzen, sollten Sie 10% CPU für RDP und Ähnliches zur Verfügung haben.
Wenn Sie andere Ressourcenlimits erreichen, möchten Sie möglicherweise die Beschränkung dieser Ressourcen separat prüfen.