Dazu gibt es ein offizielles Tutorial . Die "Quote colors" -Erweiterung ist für die neuesten Versionen nicht mehr nützlich, daher müssen Sie .css-Dateien selbst bearbeiten.
Ich würde auch empfehlen, die ähnliche Frage bei askubuntu zu betrachten (Thundebird ist plattformübergreifend und seine Erweiterungen).