Neue Fragen mit dem Tag «portable-batch-system»

Ich verwende PBS zum Verteilen von Jobs in einem Cluster. Normalerweise kann ich den interaktiven X11-Modus in einem Knoten folgendermaßen starten: qsub -I -X -l select=1:vnode=gpunode1 aber es funktioniert nicht für einen neuen Benutzer. Es hängt einfach da drin. Ich habe versucht qstatund gesehen...

Ich kenne Befehle wie qsub, qstat -a, qstat -an usw. Wie kann ich jedoch feststellen, wie viele Jobs ein einzelner Benutzer in der Warteschlange hat (und nicht immer alle laufen)?

Ich möchte einzelne Jobs an die Sun Grid Engine übergeben und sie so aussehen lassen, als würden sie lokal ausgeführt. Anstatt eine stdout- und stderr-Datei zu erstellen, um diese an die aufrufenden Terminals stdout und stderr auszugeben. Gemäß dieser Seite -k oe werden Standardausgaben oder Standar...

Ich verwende qsub zum Senden von Jobs im Cluster (SGE). Was ich wissen möchte, ist, wenn ich einen qsub-Job übergebe und wenn er fertig ist, möchte ich herausfinden, wie viel Speicher er tatsächlich verbraucht. Wenn ich ihn also das nächste Mal mit dem erforderlichen Speicher ausstatte, ist das für...

Beim Senden eines Jobs kann ich qsubden Pfad für die Standardausgabe und den Standardfehler angeben. Auf der anderen Seite kann ich, während mein Job 12345 ausgeführt wird, auf zusätzliche Informationen zugreifen, die sich darauf beziehen qstat -j 12345. Meine Frage ist, ob es einen Weg gibt, einen...

Ich verwende Emacs auf einem LINUX-System, das das Portable Batch System (PBS) zur Steuerung der Ressourcennutzung verwendet. Die PBS-Skripts erfordern "#PBS -S / bin / ..." als erste Zeile im Skript, um die Shell des Skripts für PBS zu deklarieren. Wenn ich das Skript in Emacs lade, gibt es kein #!...

Ich verwende PBS qsub, um ein Skript in einem Cluster auszuführen, das eine Berichtsdatei ausgeben muss, die mit der Sendezeit des Stapeljobs benannt ist. Die Sendezeit des Batch-Jobs ist die Zeit, zu der er der PBS-Batch-Job-Warteschlange beitritt. Ich habe alle PBS-Standardvariablen geprüft, aber...

Ich versuche, eine Reihe von Jobs auszuführen, die nacheinander an den Cluster übermittelt werden, indem das folgende .sh-Skript ausgeführt wird: Annotation_Loop.sh: #!/bin/bash job=`qsub run_IntersectBed_1.sh 0` for i in do job_next=`qsub -hold_jid $job run_IntersectBed_1.sh $i` job=$job_next don...

Ich versuche, das folgende sehr einfache Skript an meinen Cluster zu senden: #!/bin/sh #PBS -l nodes=3:ppn=8,walltime=00:01:00 #PBS -M eamorr@mydomain.com #PBS -j oe #PBS -m bae #PBS -N geophysics pbsdsh date pbsdsh echo $PBS_VNODENUM Und hier ist die Ausgabe: Wed Oct 24 12:52:08 IST 2012 Wed Oct...

Ich habe eine riesige Berechnung auf einem Scientific Linux-Cluster. Momentan habe ich über 600 Jobs in der Warteschlange geparkt, die auf Prozessorzeit warten, während einige ausgeführt werden. Ich versuche, den Befehl qalter für einige inaktive, aber geplante Jobs zu verwenden. Ich möchte sie zu...

Ich arbeite mit Drehmoment (qsub). Ich möchte dem Standardfehler des Jobs folgen, während er ausgegeben wird. Die normalen Ausgabedateien (für stdoutund stderr) werden nur geschrieben, wenn der Job abgeschlossen ist. Gibt es eine Möglichkeit, so etwas zu tun? tail -f /dev/stderr für stderrden eing...

Ich möchte Grid Engine auf meinem Laptop installieren. Ich verwende Ubuntu 11.10 unter VirtualBox 4.1.6. (Der Zweck der Installation von Grid Engine besteht nicht darin, etwas zu berechnen. Ich möchte nur, dass eine funktionierende Grid Engine-Umgebung Bash-Scripting für Array-Jobs usw. ausprobieren...

UPDATE: nach qsub bemerkte ich oft, dass der Hostname opt ### zu funktionieren scheint, aber für andere Knoten, bei denen der Hostname eine andere Topologie hat, nicht jedoch. Ich habe das mit dem Cluster-Manager besprochen, und das sagte er: "Irgendwie war die Bibliothek nur auf den opt * -Knoten i...

Also habe ich Torque in einem kleinen Cluster installiert, den wir gerade einrichten, und es schien alles reibungslos zu laufen. Ich habe pbs_monauf den Rechenknoten ausgeführt und pbs_server auf dem Kopfknoten, und pbsnodes -avom Kopfknoten aus werden alle Knoten im "freien" Zustand angezeigt . Wen...

Unser Cluster ist ein Linux-Cluster mit Torque und Maui. Ich lese online Tutorials und finde, dass sich die Kompilierung nur auf dem Kopfknoten befindet, und nachdem der Job von qsub übergeben wurde, führen die anderen Knoten die auf dem Kopfknoten kompilierte ausführbare Datei aus. Deshalb stellen...

Ich lerne und habe einige Fragen zur Verwendung von PBS zum Übergeben von Jobs in einem Cluster. (1) Wenn ein Job von MPI parallelisiert und von mpirun ohne qsub ausgeführt wird, kann er auf verschiedenen Knoten ausgeführt werden. Was ist der Sinn von qsub? Wurde der Job nicht von qsub in die Wartes...