Ich kann mir keine automatische Methode vorstellen, aber ich würde empfehlen, Audacity herunterzuladen und die Audiodateien zu bearbeiten.
Audacity ist nur eine kostenlose Audiobearbeitungssoftware, aber Sie können alles verwenden. Unabhängig davon, was Sie verwenden, denke ich, dass Sie den Anfang der zweiten Datei mit den redundanten Informationen ausschneiden und dann die beiden Dateien zurücksetzen und in einem WAV, FLAC oder MP3 speichern.
Wenn Sie dies tun, müssen Sie das Cuesheet manuell zum Zeitpunkt jedes Kapitels bearbeiten. Dies sollte jedoch nicht länger als fünf Minuten dauern.
Viel Glück!