Kurze Antwort: Das geht nicht.
Sie können jedoch beispielsweise ein PowerShell-Skript verwenden ( [IO.Path]::GetFileNameWithoutExtension(…)
oder [IO.Path]::ChangeExtension(…)
sich daran erinnern), um die Dateinamen in (Kopien von) den beiden Ordnern gleich zu machen. Anschließend können Sie die Ordner mit Winmerge vergleichen.
Sollten Sie jedoch ein solches Skript verwenden, können Sie die Ordner auch direkt aus dem Skript heraus vergleichen, wenn Sie nur Dateinamen vergleichen möchten.