Wie konvertiere ich einen Voluson 4D-Ultraschall-Scan (.V00-Datei) in ein Video?

.V00Dateien sind das Format "Kretzfile" / "Kretz 3D-Ultraschallbilder" [ Quelle ]. Die Verbindung zwischen GE Healthcare und Kretz ist, weil „2001 GE Medical Systems eine bedeutende Beteiligung an der Kretztechnik AG von Medison erworben und Kretztechnik AG wurde eine hundertprozentige Tochtergesellschaft von GE Medical Systems“ [ Quelle ].

Sie können 4D View verwenden . Dies ist die "offizielle" PC-Software, die GE Healthcare für ihre Ultraschall-Bildgebungsgeräte von Voluson zur Verfügung stellt. Beispielprozess zum Exportieren in ein Video:

1. Öffnen Sie die Datei in 4D View und wählen Sie "File → Export 4D Image Cine Sequence…".
2. Aktivieren Sie die Option "Komprimierung" (es sei denn, Sie möchten in Schritt 4 eine Nachbearbeitung durchführen, verwenden Sie keine Komprimierung, um einen Fehler zu vermeiden ). Belassen Sie "Reduction Ratio" bei "1.00: 1", da sonst die Videoauflösung herabgesetzt wird.
3. Klicken Sie auf "Speichern", um das 4D-Volume in das .aviFormat zu exportieren . Was Sie erhalten, sollte wie eine Wiederholung in 4D View aussehen, nur ohne die gesamte Beschriftung.

4. Um die riesigen schwarzen Ränder aus dem Video zu entfernen, mehrere exportierte Videos zu verbinden und alles in ein kleines MP4-Format zu konvertieren, können Sie den folgenden ffmpegBefehl in einer Linux-Shell ausführen, während Sie sich in einem Verzeichnis befinden, das Ihre exportierten, unkomprimierten .aviDateien und nichts enthält sonst:

   ffmpeg \ -i concat:"$(ls -l *.avi | awk 'BEGIN { print $9 }')" \ -filter:v "crop=400:380:332:175" \ -r 25 \ -crf 18 \ output.mp4 

   Dies basiert auf mehreren anderen Antworten . Wenn Sie avconvstattdessen mit den gleichen Parametern arbeiten. Es wird angenommen, dass der Inhalt von 400 × 380 Pixeln beginnend mit x = 332, y = 175 ( crop=dh etwa zentriert auf einem Video mit 1068 × 740 Pixeln) liegt. Passen Sie die Parameterwerte ggf. an Ihren Fall an, indem Sie an einem Standbild messen. -crf 18wählt eine höhere Qualität als die Standardeinstellung -crf 23auf Kosten einer größeren Dateigröße. Ich bezweifle jedoch, ob die Qualitätsverbesserung sichtbar ist…

5. Zu Archivierungszwecken möchten Sie möglicherweise die einzelnen AVI-Videos (riesig, wenn unkomprimiert!) In einem schönen, verlustfreien oder nahezu verlustfreien Format speichern, ohne sie zu verketten, ohne jedoch den unbrauchbaren schwarzen Rand zu entfernen:

   for file in *.avi; do ffmpeg \ -i $file \ -c:v libx264 \ -preset veryslow \ -crf 1 \ -r 25 \ -filter:v "crop=400:380:332:175" \ $; done 

   Hierbei wird H.264 mit dem Quantisiererwert 1 ( -crf 1) verwendet, der nahezu verlustfrei [ Quelle ] ist und 25 Mal kleiner ist als die ursprünglichen unkomprimierten AVIs. Sie können stattdessen auch -crf 0oder besser -qp 0verwenden, was zu wirklich verlustfreiem H.264 führt. Es ist etwa 20% größer und kann nicht von allen Spielern gelesen werden [ Details ]. Aber VLC und YouTube können das zum Beispiel.

Einige Hinweise zum Erwerb und zur Installation von 4D View:

• 4D View ist als lizenzierte Software, eine uneingeschränkte 60-Tage-Demoversion und eine nicht auslaufende De-Feature-Version verfügbar [ siehe ]. Alle scheinen in der Lage zu sein, in .aviDateien zu exportieren, aber ich habe es nur mit der 60-Tage-Demo versucht.
• Die neueren Versionen von 4D View können nur von registrierten Besitzern von Voluson-Maschinen heruntergeladen werden (Sie müssen sich anmelden und die Seriennummer Ihrer Maschine angeben; möglicherweise machen sie jedoch eine Ausnahme, wenn Sie freundlich gefragt werden). Frühere Versionen konnten jedoch öffentlich heruntergeladen werden und sind noch im Internet verfügbar .
• 4D View wurde für Windows 7 erstellt, kann aber auch unter Windows XP installiert werden.
• 4D View kann nicht in einer virtuellen Maschine verwendet werden, zumindest nicht in VirtualBox mit Windows XP-Gast (und aktivierter 3D-Beschleunigung). Beim Versuch, es zu starten, beschwert sich 4D View "Keine ausreichende Grafikkarte gefunden oder Treiber nicht installiert" und beendet.

Weitere Details und Kontakte zum Konvertieren von V00-Dateien finden Sie in diesem Thread "comp.protocols.dicom" . Für Hintergrundinformationen gibt es auch das Voluson S6 / S8 Service Manual . Für Tests steht hier ein schwer zu findender 3D-Scan im Kretzfile-Format zum Download zur Verfügung; Allerdings nur 3D, so dass die 4D- .aviKonvertierung mit 4D View nicht möglich ist.

Nicht möglich: 4DTheFetusView . Dieses Tool ist das gleiche wie eine 2005-Version von 4D View und steht weiterhin zum kostenlosen Download zur Verfügung. Es kann jedoch nur zum Öffnen von über sonoworld.com freigegebenen Demo-Volumes verwendet werden . Diese 4D-Demo-Bände waren mehreren ihrer Fälle beigefügt (einschließlich dieses, dieses, dieses ), stehen jedoch nicht mehr zum Download zur Verfügung.

Nicht möglich: DICOMatic . Dies ist ein frei herunterladbares Konvertierungswerkzeug, das eine Vielzahl proprietärer medizinischer Bildgebungsformate in das neue Standardformat DICOM konvertieren kann . Nur, dass eine nicht registrierte Version mit Wasserzeichen exportierte Bilder [ Quelle ]. Von DICOM aus können Sie mit den frei verfügbaren Tools MicroDICOM oder DICOM Cine Viewer eine Videodatei exportieren. Für das GE KretzFile-Format weist DICOMatic jedoch darauf hin, dass "DICOM keine 3D-Volumes für Ultraschallbilder unterstützt" [ Quelle]. Beim Versuch, eine .V00-Datei in DICOMatic zu öffnen, wurde mir mitgeteilt, dass sie keine Polarkoordinaten unterstützt. Wahrscheinlich ist das gleichbedeutend damit, dass 3D-Volumes nicht unterstützt werden (?). Also hat es nicht funktioniert (für mich), aber der Hersteller sagt, dass es funktionieren sollte [ Quelle ].

Nicht möglich: TomoVision und ein Screengrabber. TomoVision ist ein Viewer für medizinische Bildformate. Wenn also .V00-Sequenzen gerendert werden könnten, könnte man sie mit einem Screengrabber in ein Video konvertieren. Da es jedoch dieselbe Bibliothek wie DICOMatic [ source ] verwendet, kann es auch das 4D-Volume nicht lesen. Der Hersteller behauptet jedoch, dass dies möglich sein sollte [ Quelle ].

Ich habe einen GE / Kretz 3D-Ultraschallbildleser in 3D Slicer implementiert. Nachdem Sie das Bild geladen haben, können Sie alle beeindruckenden Werkzeuge in 3D Slicer verwenden, um es zu visualisieren und zu bearbeiten (z. B. zum Erstellen eines 3D-druckbaren Modells). Sie können eine Demo hier sehen:

https://youtu.be/UHq0uyDvhaA

Es ist noch nicht perfekt (sphärische zu kartesische Konvertierung ist nicht ganz genau), aber es ist völlig kostenlos und Open Source - Korrekturen und Verbesserungen sind erwünscht. Für weitere Details und Fragen bitte im 3D Slicer Forum posten:

https://discourse.slicer.org/t/loading-of-ge-kretz-ultrasound-volumes-vol-file/808/14?u=lassoan

Angenommen, Sie haben eine Voluson-Datei ohne aktivierte Komprimierung (Wavelet = 'Off') und mit ausgewählter Volume- / Raw-Datei exportiert ... Versuchen Sie es mit diesem Skript, um festzustellen, ob Ihre Daten im DICOM-Format eines Drittanbieters vorliegen. Dies rekonstruiert die Daten nicht in einem verwendbaren Format, zeigt jedoch an, ob Sie auf die Elementdaten zugreifen können.

import struct import sys  class GETagAnalyser(object):  def __init__(self,fname): self.m_fname = None if fname is not None: self.m_fname = fname self.m_tagdict = []   def readAllTags(self): with open(self.m_fname,'rb') as f: hdr = f.read(16) print hdr #find end f.seek(0,2)  fend = f.tell() print fend #back to start f.seek(16,0)  while f.tell() <= fend-4: t1,t2,s,tag_data,f = self.readNextTag(f)  #self.m_tagdict  print hex(t1), hex(t2),s  #print t1, t2, s   def readNextTag(self,f): firsttag = f.read(2) firsttag = struct.unpack('@H',firsttag)  secondtag = f.read(2) secondtag = struct.unpack('@H',secondtag)  size = f.read(4) size = struct.unpack('@I',size)  data = f.read(size[0])  tag1,tag2,size,data = firsttag[0],secondtag[0],size[0],data return tag1,tag2,size,data,f  def main():  if len(sys.argv) != 2: print "Usage: GETagAnalyser <inputfile>" return g = GETagAnalyser(sys.argv[1]) #print sys.argv[1] g.readAllTags()