Gescannte Dokumente werden als Bitmaps und nicht als Text gespeichert. Dies bedeutet, dass Adobe nicht viel mit dem Bild selbst tun kann. Möglicherweise gibt es eine Option "Farben invertieren", wie es bei Foxit Reader der Fall ist. Alternativ können Sie Foxit Reader ausprobieren.
Alternativen sind Programme, die Bilder in Text umwandeln und OCR konvertieren können. Anschließend können Sie die Farben wie gewohnt ändern.