Nachdem ich phpMyAdmin ignoriert und zu Drupal übergegangen bin, bin ich auf das gleiche Problem gestoßen. Nach einer schnellen Suche habe ich Folgendes gefunden:
http://www.redbarontech.com/content/drupal-running-chroot
Nach dem Kopieren der "Timezone-Dateien" in das Chroot-Gefängnis, wie in diesem Artikel beschrieben, haben sowohl Drupal als auch phpMyAdmin die Arbeit aufgenommen. Ich habe die Frage überarbeitet, um sie etwas allgemeiner zu gestalten.
Bearbeiten:
Hier ist der relevante Befehl aus dem Artikel:
cp -fR /usr/share/zoneinfo/* /jail/usr/share/zoneinfo/
Ich habe es gerade für mein eigenes Setup angepasst.