Gibt es eine Möglichkeit, diese Links dynamisch auf dem neuesten Stand zu halten, so dass beim Verschieben einer Datei deren Link daraufhin nachverfolgt und an dem Ort aktualisiert wird, an den sie verschoben wurde?
Im Wesentlichen ... nein, das gibt es nicht. Excel hat keinen routinemäßigen Zugriff, um Dateitransaktionen wie diese zu überwachen, und kann daher nicht feststellen, ob eine Datei an einen anderen Ort verschoben wurde.
Das von Ihnen verwendete System ist, wie Sie sagen, sehr zerbrechlich und überhaupt nicht zu empfehlen. Mit einer solchen Struktur kann vieles schief gehen. Am besten verschieben Sie die Daten entweder aus den verknüpften Dateien in separate Arbeitsblätter derselben Datei oder verwenden im Idealfall ein relationales Datenbankprogramm wie Access oder SQL Server, um eine echte relationale Datenbank zu erstellen. Excel kann einige Datenbankfunktionen unterstützen, ist aber nicht besonders gut geeignet.