OS X-Upgrades laufen im Allgemeinen äußerst reibungslos ab. Sie können sich vorstellen, dass es für die meisten Benutzer am bequemsten ist, ein Upgrade durchzuführen, statt sie neu zu formatieren, und die Apple-Ingenieure arbeiten sehr hart, um einen reibungslosen Ablauf sicherzustellen. (Sie können sich darauf verlassen, dass bei einer Upgrade-Installation nichts fehlt, was Sie bei einer Neuinstallation erhalten würden.) Nach dem Upgrade auf Snow Leopard auf einigen Computern ist der Installationsprozess sogar noch schmerzloser als je zuvor. Mit einer solchen neuen Maschine würde ich keine Probleme vorhersehen.
Es ist immer ratsam, die Kompatibilität von Software und Geräten von Drittanbietern zu überprüfen. Beispielsweise verfügt meine Frau über einen BodyBugg, der für die Schnittstelle zum System von einer Kernel-Erweiterung abhängig ist und der Treiber noch nicht aktualisiert wurde. Im Moment halte ich eine Leopard-Partition auf der Festplatte für das Szenario "Nur für den Fall".
Sie können Partitionen übrigens ohne Formatierung mithilfe von Applications → Disk Utility ausführen, und der Migrationsassistent kann Daten zwischen Partitionen übertragen. Wenn Sie paranoid sind, lohnt es sich daher, eine Snow Leopard-Partition zu erstellen, dort eine Neuinstallation durchzuführen und Ihre Daten von der Leopard-Partition zu migrieren. Sobald Sie wissen, dass alles funktioniert, aktualisieren Sie entweder die Leopard-Partition oder bleiben Sie bei der neuen, und löschen Sie die nicht verwendete Partition und fügen Sie sie erneut zusammen.