Ja, der Inhalt, der über die Tor-Knoten geht, wird verschlüsselt, jedoch nicht über die Tor-Knoten hinaus. Jenseits der Tor-Knoten sollte SSL aktiviert sein.
In beiden Fällen sollte die Site, wenn sie SSL verwendet, verschlüsselt sein und für die Knoten nicht sichtbar sein, auch wenn tor nicht verschlüsselt wurde.