Wenn es große Unterschiede zwischen den beiden Maschinen gibt, nein. Ein "Hauptunterschied" wäre etwas, das dazu führt, dass Windows bei der Installation eine andere HAL (Hardware Abstraction Layer) wählt. Die HAL kann nach der Installation niemals geändert werden, daher muss zum Starten immer die richtige HAL installiert werden. Ich weiß, dass sich die HAL unter anderem für Single-CPU- und Multiple-CPU- (oder Core-) Maschinen unterscheidet.
Im Allgemeinen ist es sehr umständlich, eine Windows-Installation zu verschieben. Es ist viel einfacher, den Deskpro von CD oder USB-Laufwerk zu booten.