Ich hatte genau das gleiche Problem.
Um das Problem zu beheben, habe ich die Datei com.apple.symbolichotkeys.plist in com.apple.symbolichotkeys.plist.backup umbenannt (nur für den Fall). Dann lief das killall Dock
Dock via Spotlight neu und dann wurde es neu gestartet.
Ich habe Strg-1, Strg-2 usw. Leerzeichen zugeordnet. Eine Angewohnheit aus meinen Linux-Tagen.