Ihre Wahl ist richtig. H.264-Video + MP3-Audio in MP4 wird von fast allen Geräten und PCs unterstützt.
Bei den Suchoptionen (Indizierung) sollten Sie regelmäßig Keyframes setzen. Im Allgemeinen sollte man alle drei Sekunden ein Schlüsselbild haben. Die meisten Transcoder haben Keyframe-, I-Frame- oder IDR-Optionen (Instantaneous Decoder Refresh), mit denen Sie dies einstellen können. Eine andere Möglichkeit wäre die Einstellung der GOP-Länge, die auch das Keyframe-Intervall definiert.