Ich denke, die einfachste Lösung wird darin bestehen, eine Verschlüsselungssoftware wie TrueCrypt zu verwenden, um ein verschlüsseltes Volume zu erstellen, und dann den Ordner, den Sie schützen möchten, in diesem Volume ablegen.
Auf diese Weise können Sie wie gewohnt mit Ihren Dateien arbeiten (sobald Sie das verschlüsselte Volume bereitgestellt haben), und Sie wissen, dass Ihre Dateien kryptografisch geschützt sind.