PDB-Datei in GROMACS unter Windows mit Cygwin öffnen?

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Neena1490

Ich bin zum ersten Mal bei GROMACS. Gemäß diesem hervorragenden Tutorial ( http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/01_pdb2gmx.html ) habe ich die PDB-Datei für Lyzozyme heruntergeladen und dann Wassermoleküle entfernt. In CygwinShell (mit aktiviertem GROMACS) folgenden Befehl eingegeben: .

$ gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce

Ich erhalte jedoch eine Fehlermeldung:

In der Befehlszeilenoption -f wird die Datei 1AKI_clean.pdb nicht beendet oder kann nicht aufgerufen werden.

Bitte Rat, wo ich falsch liege. Jeder Einblick wäre dankbar. Danke, Neena

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Wo ist die Datei 1AKI_clean.pdb? matzeri vor 5 Jahren 0
Vielen Dank, dass Sie darauf hingewiesen haben. Jetzt, da ich die Datei in das Arbeitsverzeichnis übertragen habe, erhalte ich diesen Fehler nicht mehr. Neena1490 vor 5 Jahren 0

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