Hier ist ein Bash-Skript, das aussieht, als würde es etwas tun, was Sie wollen. Es startet eine Reihe von Prozessen parallel, stellt jedoch sicher, dass nicht mehr als n gleichzeitig ausgeführt werden.
Auf der anderen Seite, wenn das, was Sie tun, festplattengebunden und nicht CPU-gebunden ist (ich frage Sie, weil Sie "50 Ordner mit zu verarbeitenden Daten" haben), sind Sie möglicherweise besser dran Ausführen aller Prozesse seriell, um Konflikte zwischen den Prozessen für die Festplatte zu vermeiden.